私は、jQuery派で、mootoolsはあまり好きじゃありません。
理由は簡単で、jQueryの方がリファレンスやプラグインがあるから・・・。
まぁ、早い話がめんどくさがりなので、情報が多い方を使うってことです（＾＾；

今、携わっているサイトで、mootoolsを使っているサイトがあります。
一人で作る時は、絶対にmootoolsは使いませんが、共同で作るときや、誰かが作ったものを改善する時は、
mootoolsを使わざるを得ない時がどうしてもあります。

IE9 の RC版 がリリースされて少し経ちましたが、皆さんはダウンロードしましたか？
今でも IE6 or IE7を使ってる方は、ぜひIE9にしてしまいましょう。
（世界のウェブエンジニアが泣いて喜ぶはずです・・・）

ただ、そのIE9なのですが、mootoolsとの相性が悪いのか・・・。
mootoolsでAjaxを利用しているページが動かない場合があるようです。

私が携わっているサイトも一部動きません・・・。jQueryで作っているサイトは、基本そのまま動いているようでした。

もうすこしIE9が普及すれば、修正作業が必要になると思いますが…

「IE9 mootools」でgoogle先生に聞いてみたのですが、それらしい記事は見つからなかったので、
私が携わっているサイトだけの問題かもしれませんが・・・。

なんにせよ、私はmootoolsは、あまり好きじゃありません。(^^;